1920年8月15日俱乐部正式成立，1983年改为现名并一直沿用至今。球队此前曾参加过6次意甲联赛，1986-87赛季该队首次参加意甲联赛，并在该赛季以23分保级成功，1987-88赛季因在上赛季打假球被足协扣除5分，最终以最后一名降入乙级联赛，此后球队掉入丙级联赛深渊近7个赛季。1996-97赛季重返乙级联赛，次年升入甲级。1997-98赛季以积37分保级成功，但次年便再度跌入乙级联赛，经过三个赛季的卧薪尝胆，恩波利足球俱乐部2006-07赛季得以第7次获得参加甲级联赛机会。

上赛季，恩波利队是乙级联赛中攻击力最强的球队，但攻守不平衡的毛病在联赛中也显露无遗。主教练巴尔迪尼在意大利充其量也就是一个二流教练，整个联赛他是在球迷的嘘声中度过的，不过球队总算升级成功，他也算完成了任务，不过，新赛季他留任的机会很小。

1920年8月15日，恩波利FBC俱乐部成立。

1931年，更名为AS法西斯蒂·恩波利（AS Fascista Empoli）。

1936年，更名为多波拉沃罗·恩波利人（Dopolavoro Empolese）

1938年，更名为意大利国际多波拉沃罗恩波利足球俱乐部（Dopolavoro Interaziendale Italo Gambacciani Sezione Calcio Empoli）。

1941年，更名为AC恩波利。

1944年，更名为GS阿泽利奥兰迪恩波利摩尔人（GS Azelio Landi Empoli）。

1944年，恢复为恩波利FBC。

1983年，更名为恩波利FC。

2022年6月，恩波利俱乐部官方宣布，与保罗-扎内蒂达成协议，后者将出任恩波利的新任主帅。