昆山足球俱乐部的前身是成立于2014年12月的镇江华萨足球俱乐部，2018年12月11日更名为昆山足球俱乐部。

2018年12月11日，前中乙俱乐部镇江华萨正式更名为昆山足球俱乐部，同时发布新版队徽，主场将迁往昆山  

 2020年5月21日，中国足协官方公布2020赛季三级职业联赛参赛资格的俱乐部名单，昆山足球俱乐部正式获得2020赛季中甲联赛参赛资格。2020赛季，昆山足球俱乐部经过15场鏖战成功斩获中甲季军，获得俱乐部历史最佳成绩。