南通支云足球俱乐部的前身广西龙桂达足球俱乐部是一家位于广西南宁的业余足球俱乐部，由广西龙桂达房地产投资有限公司出资、以首届广西足球超级联赛冠军南宁市润华足球俱乐部的球员为班底组建。

2014年，广西龙桂达足球俱乐部以广西足球超级联赛冠军的身份参加了在柳州举行的2014年中国足球协会业余联赛南区决赛，获得了季军。同年11月底，在安徽进行的2014年中国足球协会业余联赛总决赛上，广西龙桂达获得第4名，顺利获得2015年足协杯参赛资格。12月17日，球队正式注册为广西龙桂达足球俱乐部股份有限公司，参加2015年中国足球协会乙级联赛。

2018赛季，是向“三年冲甲”目标迈进的关键一年。支云俱乐部更是一口气引进了包括根宝青训出品的朱峥嵘、曾登上过亚冠赛场的刘伟、河海大学踢出来的大学生球员宋岳等7名新援，冲甲的决心可见。  

2018年10月27日，2018中乙联赛展开半决赛次回合较量。南通支云客场1-0小胜陕西大秦之水，总比分2-0获胜晋级中甲 ,随着南通支云冲甲成功，南通迎来历史上首支中甲球队。 

2018年，南通支云获中乙联赛亚军，升入中国足球协会甲级联赛,2019赛季中甲联赛南通支云以8胜9平13负位列积分榜第12名，中甲元年保级成功。

2019赛季，球队的中甲菜鸟赛季，因战绩不佳，球队请来英国籍教练盖瑞-怀特接替功勋教练魏新成为南通支云主教练。

2019年11月2日，2019赛季中甲联赛收官之战，南通支云在客场2-1逆转取胜青岛黄海青港，姆拉登为球队攻入两粒关键进球。南通支云凭借获胜3分，反超四川FC及新疆队，最终位列积分榜第12位，保级成功。

2020年3月31日，谢晖出任球队主教练。

2021年8月18日，主教练谢晖因酒后不当言论被停职。8月22日，谢晖辞去主教练职务。8月26日，曹睿成为球队新任一线队主教练。