第一届非洲杯的参赛队只有可怜的3支球队——埃及、苏丹和埃塞俄比亚，虽然南非当时也提出了参赛的要求，但由于该国的臭名昭著的种族隔离政策而遭到拒绝，北非劲旅埃及夺得了首届比赛的冠军。最早的非洲杯并没有规定固定的举办年份，在1957、1959、1962、1963、1965和1968的11年内总共就举办了6届杯赛。
非洲杯的第一届冠军埃及是锦标赛最成功的国家，2006年埃及在本土夺得冠军，当时他们已经将夺冠次数累计到了5次。2008、2010年2届非洲杯成功蝉联，更是将夺冠次数刷新到了7次,“非洲雄狮”喀麦隆以5届冠军紧随其后，但在非洲杯历史上，唯一永久性占有奖杯的球队是加纳，在他们1978年第三次获得冠军后永久性占有了当时的比赛奖杯萨勒姆杯。
2013年由于改制因而在2012，2013年间连续举办了2届非洲杯，之后仍为2年1届。

直到21世纪之前，非洲杯并不被外界视为国际足坛的重大赛事。但随着非洲球队在世界杯的战绩不断提高、非洲球员在欧洲五大联赛的地位不断重要，非洲杯的一月比赛的赛程就成为国际足坛的一大争议话题。以英超为例，2010年安哥拉非洲杯将抽走35名各国国脚回国参赛，其中不乏德罗巴、埃辛、图雷等在英超豪门球队举足轻重的球星，这种“非战斗减员”极大影响了各支球队在联赛的利益，因此惹来怨声连连，因此在2019年起，非洲杯改为夏季6-7月举行，且扩军到决赛圈有24支队伍，与欧洲杯赛制相同。

2019年1月8日，埃及获得2019年埃及非洲杯足球赛举办权。

2020年6月30日，非洲足协宣布，原定于2021年1月在喀麦隆举行的非洲杯推迟进行，比赛时间定在2022年的1月。