1903年4月26日，马德里竞技作为毕尔巴鄂竞技的青年队分支由居住在马德里的三名巴斯克学生创立。俱乐部作为毕尔巴鄂竞技的分支俱乐部诞生于巴斯克年轻人中。恩里克·阿连德被任命为俱乐部的第一任主席。当时球队的球衣是蓝白相间的剑条衫，并配以黑色或白色的球裤。5月2日，俱乐部的会员们完成了马竞历史上的第一场比赛。1921年，马德里竞技正式从毕尔巴鄂竞技独立。1940年，马德里竞技首次夺得西甲联赛冠军。1962年，马德里竞技首次夺得欧洲赛事冠军。自2002年起，马德里竞技一直征战于西班牙顶级联赛。 

马德里竞技曾夺得11次西甲联赛冠军、3次欧冠亚军、3次欧罗巴联赛冠军、3次欧洲超级杯冠军、1次洲际杯冠军。

 2020年全年，球队在主场迎来的各项赛事里保持不败。  19轮战罢，球队豪取50分，少赛1场仍领先皇马和巴萨10分。  然而在2月，球队状态出现下滑，连续8场比赛出现丢球，在终结连续448天主场不败的同时亦创下了球队在西蒙尼时代最长的连续丢球纪录。  在第19轮之后的10轮比赛中，球队4胜4平2负，仅获16分，一度出现被皇马和巴萨反超的危机。   与此同时，在欧冠赛场上，球队于1/8决赛以0-3的总比分被切尔西淘汰出局。   西甲第37轮，球队2-1逆转战胜奥萨苏纳，以2分优势领先皇马。  第38轮，球队2-1逆转战胜巴拉多利德，时隔7年再度夺得西甲冠军。