2004年，中国足球协会在总结中国十年职业足球的基础上，为进一步提升中国职业足球竞赛水平和品牌，正式推出“中国足球协会超级联赛”。 中超联赛第一届有12支球队参加，前两届暂停升降级制度，于2006赛季恢复“升二降二”的升降级制度（但由于2006赛季四川冠城解散、2007赛季上海申花与上海联城合并、2008赛季武汉光谷中途退出、2013赛季初大连实德退出、2020赛季天津天海解散，故这五年都只实行“升二降一”，即从中甲联赛中升两队，降一队到中甲）。

2006年4月，为进一步完善中国足球产业的市场化进程，中国足球协会与所有中超联赛参赛俱乐部共同出资成立了中超联赛有限责任公司。

2007赛季，由于上海联城和上海申花的合并，有15支俱乐部队参加第四届中超联赛。

2008赛季，第一次有16支队伍参加中超联赛，但是于10月初，武汉光谷因称中国足协违反程序对其进行不公处罚而退出中超联赛。

2009年，因为中国国家男子足球队长期成绩不佳，加上中超联赛存在管理腐败，赌球成风问题，引起了中央领导的关注，包括刘延东分别在不同的场合提到中国足球问题以及亲身参与中国足球的会议。2009年11月中华人民共和国公安部展开足坛打黑风暴行动，大范围打击抑制足球发展的赌球行为。

2010年，联赛有包括卫冕冠军北京国安在内的16支球队参加，于2010年3月27日开幕，并于2010年11月6日闭幕；开幕式在北京工人体育场举办。

在2011赛季前（包括甲A和甲B联赛），中国球队挖来如托马西，冈波斯、金斯、汉斯、扬戈维奇、内梅切克、西历亚克、尼古拉斯·韦德克、巴班吉达、托夫丁，扬克尔、加斯科因、巴亚诺、巴尔克斯、阿尔贝茨、鲁本·索萨、萨沙·皮特洛维奇、孔卡、安迪尔森、安贞焕、卡通戈等著名球员。

2012赛季，中超联赛16支球队单赛季投入超过30亿人民币，网罗了如德罗巴、阿内尔卡、凯塔、罗申巴克、卡努特、雅库布、巴里奥斯等球星，中超自赌球风波后再次开始被中国国内社会甚至世界球坛所关注；而2012年全年的票房亦为2004年中超成立以来最高。

2013赛季，于2013年3月8日至2013年10月27日举行。虽然阿内尔卡、德罗巴离开分别加盟尤文图斯和加拉塔萨雷，但中超联赛依旧吸引了米西莫维奇、瓦罗、斯基亚维、托兰佐、洛维等球星的加盟。

2014年2月21日，中超联赛冠名签约仪式在北京举行，中国平安保险（集团）股份有限公司获得了2014年至2017年中超联赛四年独家冠名权。 2014赛季，中超联赛亦吸引了蒙蒂略、迪亚曼蒂、吉拉迪诺、比亚特里、胡斯蒂、汉克、德扬等球星加盟。

2015赛季中超联赛又有卡希尔、塔尔德利、阿兰、高拉特、帕帕多普洛斯、罗比尼奥、保利尼奥、吉安、登巴·巴、萨利霍维奇、古德约翰森、穆罕默德·西索科等大牌球员加盟。据机构统计，2015年中国足球超级联赛在冬季和夏季的引援投入均历史性的排行世界第二，仅次于英格兰足球超级联赛。

2016赛季中超联赛的未来5年全媒体版权被体奥动力以80亿元人民币的价格购买，拉米雷斯、杰克逊·马丁内斯、伊尔马兹、奥古斯托、瓜林、马丁斯、特谢拉、若、拉维奇、卡库塔、姆比亚、热尔维尼奥等大牌球员在赛季初加盟，夏季转会更是引进了胡尔克、佩莱、帕皮斯·西塞、扎哈维等大牌球员，中超联赛在巴西、英国、法国、比利时等国实现转播。

2017赛季，虽然受到U23及外援新政的影响，但并不妨碍各家俱乐部继续引进大牌球员，奥斯卡、特维斯、帕托、米克尔、维特赛尔、埃尔纳内斯、伊哈洛、罗比·克鲁泽和2016-2017赛季获德甲铜靴奖的莫德斯特等，陆续加盟中超联赛，其中奥斯卡的转会费高达6000万欧元，成为中超联赛历史标王。

2019赛季，在2018赛季丢掉中超冠军之后，广州恒大新老交替的进程正在加速，转会市场力度空前，引进了韦世豪、高准翼、吴少聪、刘奕鸣、张修维、何超6名国内强援和罗伯特-萧、布朗宁、朴志洙3名归化中球员和外援，恒大转会市场如此强势，上海上港、山东鲁能和北京国安等上赛季前四队伍也不甘落后，上港则是送中超金靴武磊留洋，国安引进了未来之星张玉宁，鲁能也引进了费莱尼这位曼联大将，除此之外那不勒斯传奇球星：哈姆西克、登贝莱、萨巴、拜仁球星瓦格纳等球星加盟，加上规划球员的新政，势必增加了中超的激烈程度

此外中超联赛在海外转播平台已增加至20多个，覆盖范围达到96个国家和地区，其中包含ESPN、DAZN、覆盖欧洲及拉丁美洲的福克斯体育台（FOX Sports）以及巴西的Band Sports。2017年5月，中国平安保险（集团）股份有限公司宣布，将以五年十亿元继续冠名中超联赛，这样中国平安将冠名中超联赛到2022年。  2017年8月21日，北京疯狂体育产业管理有限公司成为2017-2022年中超联赛官方游戏高级合作伙伴。 

2019年12月1日15点，2019中超联赛第30轮广州恒大与上海申花的比赛，在广州天河体育场进行。最终，恒大3-0获胜。半场补时阶段，韦世豪打破僵局；第55分钟，朴志洙扩大比分；第83分钟，替补出场的艾克森锁定比分。恒大3连胜，近5轮4胜1平，主场2连胜，近3个主场2胜1平。申花4连败，近4个客场2平2负。恒大第8次获得中超冠军，追平大连保持的8个顶级联赛冠军纪录。

2020年5月12日，天津天海足球俱乐部官方宣布球队解散，球队也正式退出了中超联赛。

2020年7月1日，中国足协官方宣布：2020赛季的中超联赛在7月25日开赛。本赛季中超首阶段取消主客场制，定在大连、苏州进行赛会制比赛。  11月12日，江苏苏宁总比分2:1击败广州恒大，队史首夺中超冠军。

2020年12月18日，为了进一步推进足球改革发展，中国足协决定实行中超俱乐部“男足带女足”模式，把建立职业女足队伍作为中超俱乐部的准入条件之一，带动女足运动发展。   12月29日，中国足协召集三级联赛总经理召开新赛季开赛事宜会议，会议当确定2022赛季中超扩军到18支球队。 

2021年12月26日，山东泰山2比0击败河北队，山东泰山提前三轮加冕中超联赛冠军。2022赛季开始，中超联赛执行“升3降3”政策，即：中超联赛第16名、第17名和第18名直接降入中甲联赛，中甲联赛第1名、第2名和第3名直接升入中超联赛。

2022年5月，根据《东方体育日报》消息，受疫情影响，2022赛季中超赛区、赛程、赛制均存在变数，5月底开赛仅为最乐观估计的情况。 

2022年5月16日，中国足协、中足联筹备组计划将向上级管理部门提交完整的新赛季中超联赛开赛方案（终稿）。如方案获批复，新赛季中超大概率将于6月3日开赛。 

2022年6月3日，2022中国平安中超联赛将启动，涉及大连、海口、梅州三大赛区。

2022年5月24日，重庆两江竞技足球俱乐部发布公告，表示经过俱乐部股东会研究，决定退出中国职业足球联赛并解散球队。

2022年5月27日，中国足协官方宣布取消重庆两江竞技足球俱乐部注册资格，大连人递补参加2022赛季中超联赛。

2022年5月27日，据“裁判圈”报道，新赛季中超联赛第一阶段裁判人员选派名单已经确定，其中梅州赛区26人、海口赛区25人、大连赛区25人。

2022年5月28日上午，中超公布了新赛季第一阶段的赛程。根据安排。第一阶段将从6月3日至7月12日在大连、海口、梅州三个赛区展开，共进行10轮90场比赛，6月3日晚8点，海口五源河体育场将迎来山东泰山和浙江队的揭幕战，而北京国安将在6月5日19点迎来他们的赛季首秀，对手是沧州雄狮。 

2022年7月6日，中国足协召开会议，确认中超联赛从2022年8月5日第11轮（第二阶段）开始恢复主客场。

2002下半年开始至年底中国足球协会向全国征集中超标志、吉祥物等相关VI设计，并邀请人士组成评委会，对标志和吉祥物进行评选，最后“火球”独占鳌头。中超标识的原创作者是当时广州美术学院设计分院1999装潢（1）班学生梁长伟。火球标志是以中国戏剧脸谱的描绘手法，把中超联赛的英文缩写CSL融入一个燃烧的火球，左边球形以Chinese Football Association Super League英文的首字母C、S、L的变形组合出足球团，右边是四道燃烧的火焰和代表中国足球协会超级联赛简称的CSL字母。整个标识象征着中超联赛充满火热的激情和生命的活力。