马晓磊很早就入选了国少队、国青队，还曾在伊朗举行的一次国际青年足球赛上获得了MVP称号。

2005年深足俱乐部并没有为二队的年轻球员在中超注册，使他们在没有升降级的赛季丧失了锻炼的机会。而整个2006赛季，马晓磊一直在一队和二队之间摇摆，甚至一度因为违反纪律被二队处罚。

2007赛季一开始，他又因为严重受伤到北京接受手术，训练一停就是半年。在2007赛季对阵河南队的比赛中，替补上场仅仅7分钟的马晓磊在中场得球，带球、过人、射门一连串动作一气呵成，那脚在25米开外势大力沉的射门如同一枚重量级炮弹，呼啸着撞进河南队网窝。2比0，在对手送上乌龙大礼之后，没有任何人会想到，为深圳队锁定胜局的竟然是一个在中超才第二次出场的“菜鸟”。那条瘦得像麻杆一样的右腿竟然能爆发出如此巨大的力量，马晓磊让全场观众目瞪口呆。

2010年马晓磊转会安徽九方，在安徽九方的初期，被球迷寄予厚望，很多球迷被他的速度和体能折服，但是后来发现他技术单一，身体单薄，还过于粘球。但后来安徽九方一些硬件设施不能够达到足协标准，被迫卖到了天津润宇隆。

随后九方解散，在中甲联赛上马晓磊站在了北京理工大学的体育场上

2011年初马晓磊租借到了立陶宛联赛，2011年中期中国联赛第二次转会马晓磊回国加盟了有诸多原安徽九方管理层志在冲甲的重庆足球俱乐部，2011年8月13日马晓磊第一次在重庆奥体主场亮相便攻入一球帮助重庆足球俱乐部2：0战胜四川都江堰立下头功。

2016年，马晓磊与深圳人人队签订了一份两年半的合约。

2017年，打进14粒入球的马晓磊荣膺中乙年度最佳射手。 

2019年，成都兴城的马晓磊当选为中乙最佳射手。

2021年7月5日，租借加盟中乙四川民足足球俱乐部。

2022年4月，马晓磊租借加盟四川九牛足球俱乐部。  6月，四川九牛中甲联赛大名单公布，马晓磊身披13号球衣。 7月28日，中甲第11轮，马晓磊帮助四川九牛先拔头筹，最终球队2-0战胜南京城市。