1999年，西班牙传统球队比利亚雷亚尔成立了B队，随后的4年间球队在参加瓦伦西亚大区青年联赛。从2003-04赛季开始，比利亚雷亚尔B队开始参加职业联赛的第四级别赛事，并连续名列前茅，2007-08赛季成功升上西丙，于第三赛区征战，2008-09赛季表现出色升上西乙。